En 1933, date de la création de la Luftwaffe et de l'élection de Hitler en tant que Chancelier du Reich, Walther Wever, alors Chef d'état-major réalisa l'importance qu'aurait le bombardement stratégique dans tout futur conflit.
C'est pourquoi, dans le cadre du programme Ural Bomber, il en discuta avec deux grand firmes aéronautiques de l'époque : Dornier construisit  le  Do-19  et Junkers le Ju-89.
Le RLM demanda alors un prototype à chacune pour 1935. Le Dornier se présentait de la manière suivante, bombardier de 10 places quadrimoteur, à aile médiane, bidérive avec un train d'atterrissage classique entièrement rétractable. Quant au Junkers : Bombardier de cinq places quadrimoteur, à aile basse, bidérive avec un train d'atterrissage et d'une roulette de queue classiques entièrement rétractables.
Mais une tragique nouvelle va mettre fin à la carrière des deux appareils (pas tout à fait), la mort de Walther Wever dans un accident d'avion en 1936.
Les remplaçants de ce dernier, Ersnt Udet et Hans Jeschonnek,  au lieu de favoriser les bombardiers stratégiques, préférèrent se tourner vers les plus prometteurs bombardiers en piqué (ce qui aboutit au Junkers Ju-87 Stuka). Donc le Ju-89 fut mit de côté pour la production du Junkers 87 et Junkers 88. Cependant le prototype du Junkers Ju-89 immatriculé D-AFIT (N°4911) fit son premier vol le 11 avril 1937. Deux exemplaires furent construits.
Durant la Bataille d'Angleterre, la Luftwaffe se rendit compte qu'un bombardier stratégique lourd s'imposait, ce qui aurait pu leur permettre de changer la donne en leur faveur. Mais l'Allemagne ne put jamais rattraper son retard et le programme du Ju-89 fut abandonné et l'expérience acquise permit plus tard le développement du Ju-90.
La Luftwaffe perçut les deux exemplaires puis s'en servit d'avion de transport jusqu'en 1939 ou, selon certaines sources, jusqu'à la Campagne de Norvège.
La Lufthansa, également intéressée par le Ju-89, décida de terminer la construction du troisième exemplaire.

Caractéristiques : (Ju-89 V2)

Nationalité : Allemand
Constructeur : Junkers
Date du premier vol : 11 avril 1937
Date de mise en service : 1938
Date de retrait : 1939
Nombre d'exemplaires : 2  par Junkers et 1 terminé par la Lufthansa
Rôle : Bombardier stratégique
Equipage : 5
Envergure : 35.25 m
Longueur : 26.49 m
Hauteur : 7.60 m
Surface alaire : 184.00 m²
Poids à vide : 17 000 kg
Poids maxi au décollage : 27 800 kg
Moteur : 4 Daimler Benz DB 600A
Puissance : 750 ch unitaire
Vitesse maxi :386 km/h 
Plafond : 7 000 m
Autonomie : 2 980 km
Charge alaire : 11.20 kg/m²
Armement : 2 canons MG FF de 20 mm, 2 mitrailleuses MG 15 de 7.92 mm et 1 600 kg de bombes